Το Αρχαιολογικό Μουσείο Σαμοθράκης διαθέτει ειδική ράμπα για αναπηρικά αμαξίδια και καροτσάκια στην είσοδο και ειδικά διαμορφωμένους χώρους υγιεινής (W.C.για ΑμεΑ). Οι εκθεσιακοί χώροι εντός του μουσείου είναι ελεύθεροι από εμπόδια και το πλάτος των διαδρόμων πληροί τις προδιαγραφές κίνησης ΑμεΑ.
Μέσα στις αίθουσες υπάρχουν πινακίδες Braille με πληροφοριακό υλικό για άτομα με προβλήματα όρασης. Οι σκύλοι οδηγοί που συνοδεύουν άτομα με αναπηρίες επιτρέπονται σε όλους τους χώρους του Μουσείου.