Η Σαμοθράκη, ένα μικρό και απομονωμένο νησί του βορειανατολικού Αιγαίου, προσέλκυσε από πολύ νωρίς το ενδιαφέρον των ερευνητών και των επισκεπτών λόγω της αίγλης του Ιερού των Μεγάλων Θεών και του αγάλματος της Νίκης. Βασική επιδίωξη της νέας έκθεσης είναι το δύσκολο θέμα της μυστηριακής λατρείας να προσεγγιστεί με έναν τρόπο φιλικό και κατανοητό, μέσα από την άμεση σύνδεση των εκθεμάτων με το ιερό και τα επιμέρους μνημεία του.

Επιπλέον, στην αίθουσα Ε αποτυπώνονται οι αιώνες της ανθρώπινης προσπάθειας προσαρμογής στο τραχύ σαμοθρακίτικο νησιωτικό τοπίο, μέσα από τα κατάλοιπα που η αρχαιολογική έρευνα κατέγραψε, συντήρησε και διέσωσε τα χρόνια που προηγήθηκαν σε όλο το νησί.